(재)장애인기업종합지원센터의 상징은 장애인이 경제주체로서 자립해 나가는 모습을 형상화했습니다.
중앙의 3개의 선은 장애인의 자립을 위한 지원사업의 주체로서 장애인, 정부, 장애인기업종합지원센터를 중앙의 3개의 선으로 표현하였습니다.

중앙의 3개 선은 장애인의 자립을 함께 이루어 나가는 주체인 장애인, 정부, 장애인기업종합지원센터를 뜻합니다.
세 선이 한 지점을 향해 나아가는 모습은 장애인기업 육성 정책의 발전을 의미합니다.
이를 둘러싼 파란색 테두리는 국민을 상징하며, 국민의 관심과 지원 속에서 기관이 발전하는 모습을 표현했습니다.